Η αφαίρεση της ενδομητρίωσης πρέπει να γίνεται λαπαροσκοπικά σε όλες σχεδόν τις περιπτώσεις. Ο βασικός λόγος είναι ότι η εικόνα μέσω του λαπαροσκοπίου είναι εξαιρετικά ευκρινής και επιτρέπει τη διερεύνηση όλων των εστιών ενδομητρίωσης, μιας και η νόσος είναι συχνά πολυεστιακή.
Η άριστη αυτή εικόνα και οι χειρισμοί ακριβείας που γίνονται λαπαροσκοπικά επιτρέπουν στο χειρουργό να εξαιρέσει το μέγιστο δυνατό της νόσου με τη μεγαλύτερη δυνατή ασφάλεια και να διατηρήσει ιστούς όπως νευρικά πλέγματα χρήσιμα στη λειτουργία της ουροδόχου κύστης και του εντέρου.
Ακόμα και σε πολύ μικρού βαθμού ενδομητρίωση, η αφαίρεση της οδηγεί σε ύφεση του πόνου που αυτή προκαλεί και σε βελτίωση της γονιμότητας. Έτσι η μοναδική ουσιαστική θεραπεία της ενδομητρίωσης είναι η χειρουργική – λαπαροσκοπική της αφαίρεση.
Πρέπει να προσθέσουμε ότι η λαπαροσκόπηση κατέχει την κυρία θέση κ στη διάγνωση της ενδομητρίωσης ,ειδικά στην διερεύνηση της υπογονιμότητας.